I. JALUR UTAMA:
A. Jalur Magelang-Yogya
1. Puskesmas Salam
2. Puskesmas Mungkid
3. Puskesmas Mertoyudan I
B. Jalur Magelang-Wates (DIY)
1. Puskesmas Muntilan I
2. Puskesmas Ngluwar
C. Jalur Magelang-Purworejo
1. Puskesmas Mertoyudan II
2. Puskesmas Tempuran
3. Puskesmas Salaman I
4. Salaman II
D. Jalur Magelang-Kopeng
1. Puskesmas Tegalrejo
2. Puskesmas Pakis
3. Puskesmas Ngablak
E. Jalur Magelang-Semarang
1. Puskesmas Secang I
II. JALUR PEDESAAN:
A. Magelang-Kaliangkrik
1. Puskesmas Bandongan
2. Puskesmas Kaliangkrik
B. Krasak-Kaliangkrik
1. Puskesmas Kajoran I
C. Salaman-Kepil (Wonosobo)
1. Puskesmas Kajoran II
D. Windusari- Tembarak
1. Puskesmas Windusari
E. Secang-Grabag-Ngablak
1. Puskesmas Grabag I
2. Puskesmas Ngablak
F. Grabag-Tegalrejo
1. Puskesmas Grabag II
2. Puskesmas Secang II
G. Tegalrejo-Candimulyo-Canguk (Mgl)
1. Puskesmas Candimulyo
III. JALUR WISATA:
1. Candi Borobudur
a. Puskesmas Borobudur
b. Puskesmas Kota Mungkid
2. Ketep Pass
a. Puskesmas Sawangan I
b. Puskesmas Sawangan II
IV. JALUR EVAKUASI BENCANA:
1. Puskesmas Dukun
2. Puskesmas Sawangan I
3. Puskesmas Srumbung
Selain pengamanan Lebaran tahun 2009 pada Puskesmas di jalur utama, pedesaan, wisata dan evakuasi bencana di Kabupaten Magelang, juga terdapat POSKO TERPADU :
1. Tempat : Pertigaan Blondo Mertoyudan
2. Waktu : H-7 sampai H+7 Lebaran (14-29 September 2009)
Dilengkapi dengan Ambulance Puskesmas, obat-obatan, dan petugas kesehatan (dokter, perawat, dan pengemudi)